Наречение архимандрита Елисея во епископа Богородского состоялось 24 ноября 2006 года в патриаршей резиденции московского Свято-Данилова монастыря. До своего избрания на архипастырское служение архимандрит Елисей нес послушание главы Русской духовной миссии в Иерусалиме.

Предстоятелю Русской Православной Церкви сослужили: митрополиты Крутицкий и Коломенский Ювеналий; Смоленский и Калининградский Кирилл, председатель Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата; Калужский и Боровский Климент, управляющий делами Московской Патриархии; архиепископы Керченский Анатолий; Берлинский и Германский Феофан; Истринский Арсений; Корсунский Иннокентий; епископы Филиппопольский Нифон, представитель Патриарха Антиохийского при Патриархе Московском и всея Руси; Венский и Австрийский Илларион; Ставропольский и Владикавказский Феофан; Дмитровский Александр; Сергиево-Посадский Феогност; Моравичский Антоний, представитель Патриарха Сербского при Патриархе Московском и всея Руси; Тамбовский и Мичуринский Феодосий; Бронницкий Амвросий.

За богослужением молились члены делегации Сурожской епархии (Великобритания), временно управляемой архиепископом Корсунским Иннокентием, а также представители других Поместных Православных Церквей.

По окончании Божественной литургии Святейший Патриарх Алексий вручил новопоставленному епископу Елисею архиерейский жезл, как символ архипастырской власти, и обратился к нему со словом напутствия.