Во второй половине XIII века чешский король Отокар II послал аббата одного из католических монастырей в Палестину. Из заграничной командировки священник привез немного земли. Ее он нарыл на Голгофе, где, согласно новозаветному преданию, распяли Иисуса Христа. Монастырские братья рассеяли землю неподалеку от Кутно-Горы и основали кладбище. С тех пор стали считать, что здешняя земля свята. Подобное убеждение возникло не на пустом месте. Согласно легенде, тело здесь начинает разлагаться только на третий день после захоронения. Поэтому многие завещали, чтобы их хоронили именно на кутно-горском кладбище. Слава о Святой земле в центре Европы распространилась далеко за пределы страны. Среди погребенных были не только чехи, но и знатные покойники из Германии, Польши, Бельгии.

В 1318 г. в Богемии вспыхнула эпидемия чумы. Родственники везли своих мертвецов, разумеется, в Кутна-Гору, к месту, где монахи когда-то развеяли частичку Палестины. В тот страшный год земля приняла около 30 000 трупов. Само кладбище занимало четыре гектара и было несоизмеримо больше нынешнего. Захоронения не прекратились и после эпидемии. Здесь погребали тела монахов-католиков, которых протестанты резали сотнями. Со временем кладбище снискало славу места, где покоились мученики и погибшие за веру. Когда некрополь уже не мог вместить новых мертвецов, его упразднили. При этом все кости извлекли из земли.

К тому времени построили часовню Всех Святых с подвальной часовней Душевной агонии Иисуса Христа в Гефсиманском саду. Именно туда и перенесли останки основной массы кутно-горских покойников. Кости складывали без всякого порядка и смысла, не заботясь об эстетике и интерьере огромного склепа, в который превратилась нижняя часовня.
 
Первые попытки упорядочить костяные нагромождения предпринял некий монах, о котором известно только то, что он был полуслепым. Монах разобрал завалы черепов, берцовых, плечевых и тазовых костей, ключиц, предплечий и ребер. Из них он построил 6 пирамид. Когда окрестные земли перешли к роду Шварценберг, наведением порядка в костехранилище занялся Франтишек Ринт, известный резчик по дереву и страстный поклонник Иеронимуса Босха. В благодарность работодателю Ринт сложил из костей герб Шварценбергов. Один из предков этой фамилии прославился победой над турецкими басурманами. Поэтому австрийский император разрешил представителям рода иметь на гербе отрубленную голову турка, которому выклевывает глаза ворон.

Из необычного материала резчику удалось создать интерьер, который сохранился почти без изменений до наших дней. Перед тем как собрать какую-либо композицию, дизайнер погружал кости в раствор хлорированной гашеной извести. После высыхания они принимали специфический, белый цвет. Правда, со временем белые экспонаты пожелтели, и кое-где покрылись автографами посетителей часовни. Смотрители по мере сил пытаются бороться с современными вандалами, но безуспешно.